Una delle chiese più antiche di Bari ed anche fra le più menzionate nelle pergamene, trovandosi nella nota Ruga Francigena (attuale Via Palazzo di Città), la via cioè che collega la Basilica di San Nicola a piazza Mercantile.
Il nome originario è alquanto incerto, essendo documentata sia come S. Pelagia, che Ipalage ed anche S. Pelagio. Dovrebbe essere anteriore all’XI secolo, trovandosi tra i marinai della traslazione delle ossa di S. Nicola (1087) un Romano di Santa Pelagia.
Nel 1196 l’imperatrice Costanza confermò il possesso di questa chiesa alla Cattedrale di Bari. I milanesi ottennero da Isabella D’Aragona che la chiesa, da loro restaurata, fosse ridedicata a S. Ambrogio, diventando così punto di riferimento dei milanesi residenti a Bari (1508).
Nella circostanza la chiesa fu affidata agli eremitani di S. Agostino per cui alcuni decenni dopo la fine del ducato sforzesco (1557). La chiesa fu nota come S. Agostino. Il XVII secolo fu molto fecondo dal punto di vista del corredo iconografico. Un ignoto pittore locale dipinse un bel quadro del grande vescovo di Ippona, mentre una raffigurazione dell’Immacolata è attribuita a Gaspare Hovic. Di gran impatto anche una tela raffigurante il martirio di S. Biagio è attribuito a G. Bedrin.
Con la soppressione degli ordini religiosi la chiesa fu fidata alla Confraternita di S. Marco della Buona Morte, che in precedenza risiedeva in S. Marco dei Veneziani e che nel 1820 contribuì ai restauri. I restauri eseguiti nel secolo scorso hanno cercato di restituire alla chiesa l’antica facciata incastonando qua e la pezzi dell’XI e XII secolo.
Nel 1978 a seguito della soppressione della Parrocchia di Santa Teresa dei Maschi, la Confraternita della Gran Madre di Dio fu dall’Arcivescovo Mariano Magrassi unita a quella di S. Marco della Buona Morte, ed insieme ancora oggi curano la vita liturgica della chiesa, che hanno come punto di riferimento tre feste: la festa di S. Anna, protettrice delle partoriente e la festa di S. Antonio Abate protettore degli animali e la festa di S. Biagio protettore della gola.
