La chiesa della SS. Trinità, e quasi certamente anteriore al Mille.
Infatti, nel 1047, è menzionata dall’arcivescovo Nicola: “Marco venerabile monaco e abate della chiesa della SS. Trinità ha costruito una chiesa in onore ei santi martiri Giovanni e Paolo”. Essa è nuovamente ricordata l’anno dopo, e ancora nel 1060 appare come abate Marco, lo stesso del 1047.
Nel 1086 il duca normanno Ruggero la poneva alle dipendenze di Cava dei Tirreni. Una svolta segnava la distruzione di Bari avvenuta nel 1156. Al loro ritorno, infatti, i monaci non andarono ad abitare alla SS. Trinità, ma preferirono concentrarsi tutti nel monastero di San Benedetto, lasciando la SS. Trinità alle consorelle benedettine.

Nel 1358 la chiesa e il monastero dipendevano dalla più numerosa comunità di Santa Scolastica.
Nel 1555, però le monache si trasferirono anch’esse in S. Scolastica, concedendo la chiesa e il monastero alla Confraternita della SS. Trinità. La Confraternita diede una certa vitalità alla chiesa.
Superato indenne il momento della soppressione degli ordini religiosi, prese ad intitolarsi ai Santi Medici. Nel periodo 1921-1937, per motivi di spazio, si trasferì nella vicina chiesa di San Giacomo.
Nel 1939, i coniugi Teresa Triggiano e Vitantonio Amoruso cedettero dei locali che permisero un ampliamento della chiesa. Sulle pareti laterali vi sono dipinti eseguiti da Umberto Colonna nel 1977.
Le porte di bronzo e il nuovo altare sono opera di Mario Colonna.
In sagrestia si conservano una tela di scuola tizianesca raffigurante la Madonna col Bambino, un olio su tela della Trinità del 1600, un quadro di S, Nicola e uno dei Santi Medici.